Ésta es una situación con la que me encontré en el trabajo. Yo uso KMail y los demás usan Thunderbird. En una cuenta de correo compartida, los mensajes que respondían otros compañeros con Thunderbird todos los veíamos marcados como respondidos, pero los que respondía yo con KMail sólo se veían marcados como respondidos desde KMail.
Es fácil intuir por donde anda el problema, e investigando, esto es lo que encontré.